정화조는 주로 조절침전구역, 산소부족구역, 좋은 산소구역, 출수구역으로 구성되는데 그중 산소부족구역과 좋은 산소구역은 충전재를 충전하고 충전재에는 기능미생물을 부착한다.(1) 침전구역을 조절하면 수량파동의 조절작용을 할수 있으며 요격, 침전작용을 통해 잡동사니와 부유물을 제거할수 있다.
(2) 산소부족구역은 유기물을 제거하고 반질화를 통해 탈질소를 진행할수 있다.
(3) 좋은 산소구역은 유기물을 한층 더 제거하고 질화를 통해 암모니아질소 등을 제거한다.
(4) 출수구역에 염소를 첨가하여 소독한다.